Seura järjestää monipuolista toimintaa sekä jäsenilleen että laajemmalle yleisölle. Toiminta koostuu pääosin esitelmä- ja keskustelutilaisuuksista sekä retkistä.
Sääntömääräisiä yhdistyksen kokouksia järjestetään kahdesti vuodessa, keväällä ja syksyllä. Lisäksi Seura järjestää vapaamuotoisempia tilaisuuksia, kuten retkiä lääketieteen historian kannalta kiinnostaviin kohteisiin. Viime vuosina Seura on vieraillut esimerkiksi lukuisissa museoissa, sairaaloissa ja kasvitieteellisissä puutarhoissa.
Esitelmätilaisuuksia järjestämme varsinkin kevät- ja syyskokousten yhteydessä. Lisäksi olemme järjestäneet lääketieteen ja tautien historiaa käsittelevän luentosarjan yhdessä Helsingin kaupunginmuseon kanssa sekä osallistuneet useita kertoja Tieteiden talon Tieteiden yöhön muun muassa luentoja pitämällä. Vuonna 2022 aloitettiin vapaamuotoinen lääketieteen historian klubi, jossa kokoonnutaan säännöllisesti keskustelemaan ajankohtaisesta tutkimuksesta ja muusta alaan liittyvästä.
Kansainvälistä toimintaa tehdään varsinkin yhteistyössä muissa Pohjoismaissa toimivien sisarseurojen kanssa. Tärkein yhteistyön muoto on Nordic Medical History Congress, joka järjestetään joka toinen vuosi jossakin Pohjoismaassa. Suomessa kongressi on järjestetty viimeksi vuonna 2013. Suomen Lääketieteen Historian Seura sai tehtäväkseen vuoden 2021 kongressin järjestämisen, mutta sitä jouduttiin siirtämään kahdella vuodella koronaviruspandemian vuoksi. Seuraava kongressi järjestetään Helsingissä touko-kesäkuussa 2023.
Seura järjestää toimintaa myös yhteistyössä muiden tieteellisten seurojen, kuten Suomen Oppihistoriallisen Seuran ja Hammaslääketieteen historian seura Auroran kanssa. Toimintaan voi osallistua, vaikka ei olisikaan vielä Seuran jäsen!
