Suomen Lääketieteen Historian Seuran perustamiskokous pidettiin 18.3.1961; tuolloin Seuran nimeksi valittiin Amici Historiae Medicinae. Aloitteentekijänä oli lääkäri Gunnar Soininen, joka varsinaisen uransa ohella teki merkittävän elämäntyön lääketieteen ja terveydenhuollon historian parissa. Perustajajäsenet edustivat terveydenhuollon eri aloja, ja mukana oli niin lääkäreitä ja sairaanhoitajia kuin apteekkareita ja eläinlääkäreitäkin. Seuran hallituksessa pyrittiin huolehtimaan kunkin alan edustuksesta.
Seuran nykyinen nimi otettiin käyttöön sääntöuudistuksen yhteydessä vuonna 1980. Kolme vuotta myöhemmin päätettiin aloittaa Hippokrates-vuosikirjan julkaiseminen, ja ensimmäinen numero ilmestyi vuonna 1984. Vuosikirjan julkaiseminen on edelleen Seuran tärkeimpiä tehtäviä. Samoin seuran kokoontumisiin alusta asti kuuluneet tieteelliset esitelmät ovat yhä keskeinen osa toimintaa.
Seura toimi pitkään tiiviissä yhteydessä Helsingin yliopiston lääketieteen historian laitoksen ja museon kanssa, ja jäsenet osallistuivat aktiivisesti museokokoelman kartuttamiseen. Nykyisin kokoelmat ovat osa Helsingin yliopistomuseon kokoelmia; Seura onkin tehnyt runsaasti yhteistyötä myös yliopistomuseon kanssa.
Viime vuosina Seuraan on liittynyt terveydenhuoltoalan ammattilaisten ja luonnontieteellisten alojen tutkijoiden lisäksi lukuisia humanististen tieteiden edustajia, ja Seuran rooli kohtaamis- ja keskustelufoorumina ja tieteellisenä toimijana on voimistunut. 2010-luvun jälkimmäisellä puoliskolla Seuran tieteellistä toimintaa kehitettiin monin tavoin: vuosikirja Hippokrateelle myönnettiin vertaisarviointitunnus ja Seura alkoi järjestää jokavuotisia Syysseminaareja. Nykyisen hallituksen jäsenet edustavat sekä luonnontieteellisiä että humanistisia aloja, ja hallituksen kokoonpanossa pyritään edelleen huomioimaan eri alojen mahdollisimman laaja edustus.
