Det finska medicinhistoriska sällskapets grundmöte hölls den 18 mars 1961; på den tiden fick sällskapet namnet Amici Historiae Medicinae. Grundandet av sällskapet inleddes av läkaren Gunnar Soininen, som vid sidan av sin medicinska karriär ägnade mycket av sitt livsverk åt medicinens och sjukvårdens historia. De grundande medlemmarna representerade olika sjukvårdsområden och inkluderade läkare och sjuksköterskor samt farmaceuter och veterinärer. Det var viktigt för föreningen att säkerställa en jämlik representation i styrelsen från varje fält.
Det nuvarande namnet introducerades när stadgarna skrevs om 1980. Tre år senare beslutades det att börja publicera årsskriften Hippokrates, och det första numret kom ut 1984. Publiceringen av årsskriften är fortfarande en av sällskapets viktigaste funktioner. De vetenskapliga presentationerna som varit en del av sällskapets möten från början är alltjämt en central del av verksamheten.
Föreningen hade länge ett nära samarbete med institutionen för medicinsk historia vid Helsingfors universitet och dess medicinhistoriska museum och sällskapets medlemmar deltog aktivt i att utöka museets samling. Föreningen har således också haft ett omfattande samarbete med Universitetsmuseet.
Under de senaste åren har sällskapet fått många nya medlemmar som representerar inte endast naturvetenskaperna, utan också humaniora och sällskapets roll som mötes- och diskussionsforum och vetenskaplig aktör har stärkts. Under andra hälften av 2010-talet utvecklades sällskapets vetenskapliga verksamhet på många sätt: årsboken Hippokrates beviljades märket för kollegialt granskade vetenskapspublikationer och sällskapet började anordna årliga höstseminarier. Medlemmarna i den nuvarande styrelsen representerar både det naturvetenskapliga och humanistiska fältet och styrelsens sammansättning kommer även fortsättningsvis att säkerställa en bred representation av de olika fälten.
